海拔只有三百公尺的地方能看到海拔一千公尺才有的植物？南仁山可以！這裡是溫帶植物最南點、熱帶植物最北點，兩種氣候帶植物生長在同一個地方的現象稱為「植被壓縮」，是東北季風帶來的禮物，讓冬天的氣溫比平地低二至三度，溫帶植物便能順利生長。擁有全台灣僅存的低地雨林，南仁山物種豐富，如只能長在溫帶地區的殼斗科植物，在這裡就有九種，還有南仁節節菜、南仁水蓑衣等水生植物；南仁五月茶、希蘭灰木等特有種植物；高士佛紫金牛、台灣野牡丹藤等原生種植物，如果幸運的話，還能見到藍腹鷴一面！
珍貴物種太多與特殊的植被現象，南仁山很早就被劃為生態保護區，必須先向墾管處申請核准，再跟著生態解說員入山。從管理站出發，到終點南仁湖畔約4.3公里，除了介紹一路上遇見的各種生物，環境教育亦是重要一環，其中一站會去看一株平凡的柳丁樹，就是遊客亂丟垃圾長起來的，特意留下作為教材，告訴大家就算只是一顆小小的種子也要帶回家，否則將擾亂生態帶來巨大影響。
現在如一面明鏡的南仁湖，在清光緒時期其實是一座沼澤，曾有新竹客家人南下開墾種稻，但是沼澤地都是濫田，耕作困難生存不易，沒多久就搬走了。後來雖然還有北港人來過，也一樣難以生存，造就杳無人煙的環境，造福現在的遊客，能在南仁山發現許多珍貴稀有的寶物。