清代時期的萬丹街，地理形勢猶如一條龍，龍頭在萬安古地廟，龍肚子在萬惠宮，龍尾巴就是寶厝村的萬泉寺了。

早在康熙年間，史書已有記載萬丹街有祭祀觀音佛祖的廟宇，朱一貴事件時，六堆客籍先民在萬丹的「上帝廟」祭旗誓師，經後人考證，觀音寺和上帝廟原先是相距不遠的兩座廟，在十八世紀兩廟重修時，將兩廟合而為一，前殿主祀北極玄天上帝，後殿則是祭祀觀音佛祖。廟後保存了四塊清代的石碑，記載了過去廟宇修建、信徒捐贈廟產等歷史。認真研究起來，或許萬泉寺才是萬丹地區最早的漢人廟宇。
在嘉慶至道光年間修廟的同時，萬丹地區另一座寺廟「萬惠宮」也在修建，而且負責人還是同一人，因此兩座寺廟的石材、樑柱等都是一起由大陸買來的，如兩寺的門鼓石、石柱、石砛，以及萬惠宮的石獅，都是同時由唐山飄洋過海而來的花崗岩。民國85年萬惠宮重修時，拆下許多清代留下來的紅磚、石材，便移到萬泉寺，在萬泉寺的廟埕砌成八角形的圖案，來紀念兩廟共同的歷史。
光復初期的萬泉寺，因年久失修，廟體破落，原本有二百多甲的廟產土地也失散無著，連祀奉之玄天上帝的神像，亦流落民宅。到了民國44年時萬丹鄉代表會，考慮要將萬泉寺廢廟，原地只保留一個小公園和紀念館，並將剩餘的廟產公積金，一半移作興建萬丹初中禮堂之用，其餘充當興築萬泉寺紀念館及小公園。幸經當時的萬泉寺管理者邱萬對先生，聯合萬丹地區三十庄頭村長，串聯反對輕易廢廟，並透過當時屏東市東山禪寺住持：釋圓融法師的協助，向省政府民政廳申請寺廟登記，為全省第一件核准通過的寺廟管理組織，廟產得以保留。此外邱萬對先生還四處向人募款，終於在民國四十五年重建後殿，四十九年完成前殿，即為今日所見的萬泉寺。
萬泉寺的廟體主要採取磨石子裝飾，施作嚴謹，線條精細，前殿泥塑尺寸高大的玄天上帝與周公、桃花女、溫元帥、康元帥神像，後殿的觀音佛祖神態莊嚴，側龕分別祭祀地藏菩薩和三奶夫人。另民國45年（西元1956年）興建前殿時，在步口的龍邊的看堵上，以泥塑、剪黏施作西洋人物男女人偶，身穿西服洋裝，姿態活潑，題材特殊，為萬泉寺的另一特色。