海神宮並不是一座廟宇的名稱，其名稱由來是源自於一個古老排灣族的傳說。

據說很久以前黛娥娜神池（古時候稱之為達勞霧洞深潭）裡，每天都會有位美麗的仙女在水潭中洗沐。

住在海底的海神以海水淹沒大地，只為了看這位美麗的仙女，此舉觸怒了山神。

山神向太陽神提出請求，以炙熱的陽光令海水蒸發，這才迫使海神不得不退回海中。

而達勞霧洞深潭也再度恢復平靜，故此地才得名「海神宮」。