當船隻駛入港口時，首先印入眼簾的就是莊嚴的靈山寺。靈山寺位於小琉球北邊的山崖之上，供奉神祇為釋迦牟尼佛祖及臨水夫人陳靖姑。靈山寺為三層樓高的寶塔，登上寺內可眺望背山面海的優美景緻，晨曦與日落景色更是無限美好，還可眺望大武山與萬壽山等美景。